東莞無塵車間分為生物潔凈室和非生物潔凈室兩種。生物潔凈室空氣凈化系統必須連續運轉；非生物潔凈室使用前空氣凈化系統應提前4小時開啟。檢測塵埃粒子用塵埃粒子計數器，在環境衛生清潔后緩沖0.5～1小
甲醛氣體滅菌技術。甲醛熏蒸不僅對不易殺死的霉菌有很好的滅菌效果，而且對環境中的細菌芽孢殺滅效果較好。甲醛熏蒸操作需要注意：首先保證室溫達到35℃以上、相對濕度在60%以上；其次要保證甲醛用量達到房間體積10克/立方米的比例；另外，房間消毒時間不少于12小時；特別值得提醒的是在甲醛置換前用同比例的氨水進行中和，這樣將最大限度地減少對人體的危害以及對環境的污染。為了防止細菌對甲醛產生耐藥性，可以用臭氧進行交替效果會更好。
減少操作人員對無菌環境的影響人是無菌環境最大的污染源，因此，在潔凈區工作的人員及操作室內人員的多寡，操作動作的幅度及工作服的式樣、質地、穿戴等對微粒和細菌的含量有明顯的影響。維護好無菌環境要做到以下兩個方面：嚴格控制潔凈工作服的式樣、質地、穿戴、清洗、滅菌周期等；嚴格控制操作人員數量、約束人員的行為，保證潔凈區的凈化級別。
無塵室內的潔凈度就可以維持。但現實中人和物品的頻繁出入及制造機臺的掣動，在廣大的無塵室內要有完全潔凈度是不可能的。因此;不儲備;技術快速地在過濾器中應用以除去已發生的微粒子變得非常重要。通常已發生的微粒子會依據重力及靜電吸附力而停留在周邊的物體表面。突發性的振動及不穩定的氣流會使這些累積微粒在空氣中再度揚起，增加了重大微粒子污染的危險性。
東莞無塵車間在最高等級的無塵室中從天花板到地面，完全除去微粒子的空氣須在0.3-0.4m/s的速度作垂直向下流動。這是在約10秒內將室內空氣和完全過濾空氣完全交換所計算出來的數值。同時，空氣的流向也必須要有精確的控制才行。特別要保證氣流的流通路徑暢通無阻，因為在流通路徑中有障礙物的話，容易產生空氣空氣渦流而形成空氣的滯留區域，使得附近已發生的微粒子無法快速排除而長時間漂流在無塵室內，而一部分會附著在周邊機器設備的表面而引起污染。